基础医学研究实验中心成立于2019年，归口基础医学院管理，于2023年建成市级科研平台，现有博士及博士后各1名，市级科研团队1支，中心面积约600平方米，设备总值约290万元。中心主要开展了重大疾病发病机制研究和抗病毒药物研究两个研究方向，与自贡市一、四医院及市疾控中心等单位均有科研项目合作。近4年成功立项科研课题省级1项、市厅级12项、校级15项；申请实用新型专利28个，发明专利2个；发表各级论文58篇，其中SCI 14篇、核心7篇。

目前基础医学研究实验中心正在改造升级，改造后占地面积约900 m²，共划分为SPF级动物实验室、组织化学实验室、分子生物实验室、细胞培养实验室、微生物实验室、办公区等6大区域。可开展动物模型构建、药物筛选与毒性测试、重大疾病致病分子机制等方面的研究。